Lääkäri- ja lääkintähelikopteritoiminta on organisoitu uudelleen vuoden 2011 alusta. Lähtökohtana uudelleenjärjestelylle on ollut nykyisen helikopteritoiminnan säilyttäminen ja että valtio ohjaa toimintaan samansuuruisen rahamäärän kuin Raha-automaattiyhdistys on aikaisemmin myöntänyt rahoitusavustuksena lääkäri- ja pelastushelikopteritoiminnan tukiyhdistyksille.
Valtion rahoitus lääkäri- ja lääkintähelikopteritoiminnan menoihin on 11 800 000 euroa. Määräraha käytetään lääkäri- ja lääkintähelikopteritoiminnan hallinnointiyksikön HEMS Hallinnointi Oy:n hallinnointi- ja lentotoiminnan menojen maksamiseen.
HEMS Hallinnointi Oy:n toiminnasta aiheutuvia hallinnoinnin menoja ovat muun muassa lentotoiminnan kilpailutus ja sopimuksen laatiminen sekä lentotoiminnan valvonta sopimuksen voimassaoloajan. Lentotoiminta sisältää helikopterin ja sen edellyttämän ohjaamomiehistön, mukaan luettuna lentoavustajan. Lentotoiminta sisältää myös helikopterin tarvitsemat tukikohdat ja niiden ylläpidon sekä lähialuetehtävissä käytettävät ja lentotoiminnan tilapäisesti sääolosuhteista tai teknisistä syistä korvaavat maayksiköt.
FinnHEMS ottaa vastuun lentotoiminnan ja tukikohtien ylläpidosta vuoden 2012 alusta lähtien. Suunnitellut tukikohdat sijaitsevat jatkossa Vantaalla, Turussa, Kuopiossa, Oulussa, Tampereella ja Rovaniemellä. Lääkäripalveluista ja Lapin lääkintäkopterin ensihoitajista vastaavat yliopistosairaalat. FinnHEMSin mukaan kuuden kopterin ilmassa pitämiseksi tarvittaisiin 22 miljoonaa euroa vuodessa.